脑囊虫病的治疗很复杂。关于脑囊虫病诊断和治疗的详细临床实践指南由美国传染病学会和美国热带医学与卫生学会于2017年发布。
症状性神经囊尾蚴病的初始治疗目标是
减少囊尾蚴退变相关的炎症（经MRI记录）
防止癫痫发作，若存在癫痫或发作风险很高
缓解颅内压升高，如果存在
可以用糖皮质激素（强的松最多60mg每天一次口服或地塞米松12-24mg每天一次口服）治疗，以减轻炎症反应和缓解颅内压升高。长期皮质类固醇治疗的接受者应评估并发的潜伏性结核病和类圆线虫病，并接受抗生素预防肺孢子虫肺炎（1, 2）。
对于癫痫发作患者可给予传统的抗惊厥药。这些药物可以预防性用于高癫痫发作风险的患者，特别是那些伴有炎症相关多发退行性病变的患者。
高颅压或脑室内囊虫病患者可能需要进行神经外科干预。
神经囊尾蚴病的驱虫治疗复杂，建议在专家的指导下进行。开始抗蠕虫治疗并不紧急，重要的是在皮质类固醇控制炎症后进行抗蠕虫治疗。治疗的选择取决于囊尾蚴的位置、数量、生存力和大小，疾病阶段以及临床表现。 在进行驱虫治疗之前，应进行眼科检查以排除眼囊尾蚴的存在。 颅内压升高不受控制的患者切勿服用抗蠕虫药物。
并不是所有的患者都对治疗有反应，而且也并不是所有的患者都必须治疗（包囊可能已经死亡或钙化，或对治疗所产生的炎症反应可能比疾病本身还要严重），如患者有大量囊肿和广泛的脑部炎症时的囊尾蚴脑炎）。
当使用驱虫治疗时，阿苯达唑似乎比替代品吡喹酮更有效。据报道，对于超过 2 个实质囊肿的患者，阿苯达唑联合吡喹酮比单独使用阿苯达唑的影像学消退率更高。 阿苯达唑单独或与吡喹酮联合给药 ≥ 30 天已用于治疗蛛网膜下腔囊肿（总状囊尾蚴病），这些囊肿对驱虫药的反应较差。 接受长期、高剂量阿苯达唑治疗的患者需要监测骨髓抑制和药物相关肝炎。抗蠕虫药物不会迅速缓解症状。因此，抗蠕虫药应与癫痫、炎症和/或脑积水的症状治疗结合使用。每 6 个月重复一次神经影像学检查，直到影像学发现消退。
强的松或地塞米松应在驱虫药给药前几天开始使用，并贯穿整个给药过程，以减少因大脑中囊肿死亡引起的炎症。皮质类固醇可增加阿苯达唑活性代谢物在脑脊液中的浓度，但会降低吡喹酮在脑脊液中的浓度。甲氨蝶呤已被用作需要超过 2 周抗炎治疗的患者的皮质类固醇保留剂。
阿苯达唑和吡喹酮禁用于眼或脊髓囊虫病患者，因为囊尾蚴死亡可能引起炎症反应。
脑室内囊尾蚴是驱虫药物治疗的相对禁忌症，因为由垂死囊肿引发的炎症反应可导致阻塞性脑积水。
阻塞性脑积水（由脑室内囊尾蚴导致，包括第4脑室）、脊髓或眼囊尾蚴病可能需外科手术治疗。可能的情况下，可通过内窥镜取出脑室内囊尾蚴。可行脑室分流术以降低颅内压力。